iw.ewsum.info
מֵידָע

סוגי עצי דובדבן מניבים

סוגי עצי דובדבן מניבים


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.


סוגי עצי דובדבן מניבים ניתן לחלק לשלוש קבוצות נפרדות. הראשונים הם סוגי כבידה גבוהים, כמו קבוצת *Prunus domestica* ורוב *P. סוגי אביום*, בעלי חומציות ניתנת לטיטרציה נמוכה מאוד והם גדלים בדרך כלל כפירות שוק טריים. הקבוצה השנייה, המיוצגת על ידי דובדבן מתוק *P. לאוויום*, סוגי כבידה נמוכים, יש חומציות גבוהה יותר, הניתנת להתאמה לסטנדרטים מסחריים על ידי הלבנה לפני שימורים. הקבוצה השלישית היא קבוצה של סוגי דובדבנים שאינם *Prunus*, כולל דובדבן חמוץ *P. קרסוס*, דובדבן שקדים (*P. dulcis* × *P. cistena*) ומשמש *P. ארמניאקה*, בעלי חומציות גבוהה יותר מרוב סוגי הדובדבנים האחרים ובדרך כלל נאכלים טריים או משמשים ברטבי דובדבנים חמוצים ושימורים.

ניתוח גנטי וביוכימי של דובדבן מתוק (*P. avium*), דובדבן חמוץ (*P. cerasus*) ודובדבן שקדים (*P. dulcis* × *P. cistena*) הביא לגילוי של מספר רב של סמנים ביוכימיים שניתן להשתמש בהם כדי לקבוע פילוגניה [[@CR1], [@CR2]]. רבים מסמנים אלו משמשים כסמנים פנוטיפיים בתוכניות גידול דובדבנים [[@CR1]]. מטרת מחקר זה הייתה לפתח מפת קישור גנטית מבוססת DNA בדובדבן מתוק תוך שימוש בזני הדובדבנים 'Burlat', 'Fry' ו-'Sweetheart' כדי לפתח סמנים פולימורפיים וחזקים.

פירות נאספו משלושת זני הדובדבן ו-DNA גנומי הופק מעלים בוגרים של שלושה עד ארבעה צמחים מכל זן כפי שתואר על ידי Aljanabi וחב'. [[@CR3]]. מיצוי DNA בוצעו על פירות של 'Fry' ו-'Sweetheart', כאשר גם מיצוי בודד מפרי 'Burlat' בוצע. ריכוז ואיכות ה-DNA נקבעו באמצעות ספקטרופוטומטר Nanodrop ND-1000 (Thermo Scientific, Wilmington, DE) וערכת Qubit High Sensitivity dsDNA (Thermo Fisher Scientific, Wilmington, DE). שלוש מפות גנטיות של דובדבנים [[@CR4], [@CR5]] ומפה שפותחה עבור דובדבן מתוק באמצעות שני אנזימים הגבלה, *Hin*fI ו-*Msp*I [[@CR6]] שימשו לזיהוי סמני SSR למיפוי. בסך הכל, 543 SSRs זוהו על ידי חיפוש של אלו שהיו פולימורפיים בשלוש מפות הדובדבן [[@CR4], [@CR5]] ומיפו לקבוצות ההצמדה שלהם בכל מפה גנטית [[@CR4], [@CR5]].

מפת ההצמדה נבנתה על ידי הגברה של פריימר בודד (SP) בנפח של 20 μl המכיל 20 ng של תבנית DNA, 100 מיקרומטר מכל dNTP, 3.0 mM MgCl~2~, 0.05 U Taq פולימראז (Thermo Fisher Scientific), 100 nM פריימר ומים. התגובה בוצעה באופן הבא: דנטורציה ראשונית ב-94 מעלות צלזיוס למשך 3 דקות ואחריה 35 מחזורים של 94 מעלות צלזיוס למשך דקה, 56 מעלות צלזיוס למשך דקה אחת ו-72 מעלות צלזיוס למשך דקה, עם הארכה סופית ב-72 מעלות צלזיוס. למשך 7 דקות מוצרי PCR הופרדו על ידי אלקטרופורזה על 2.0% ג'ל אגרוז ברזולוציה גבוהה ושברי DNA נצבעו ב- GelRed™ (Biotium, Fremont, CA, ארה"ב). לאחר מכן הוצגו השברים המוגברים באמצעות מערכת הדמיה של ChemiDoc™ MP (Bio-Rad Laboratories Inc., Hercules, CA, ארה"ב).

פריימרים תוכננו בהתבסס על רצף ה-EST contigs באמצעות התוכנה המקוונת Primer3Plus v1.0 [[@CR43]]. הפריימרים מסוכמים בקובץ נוסף [2](#MOESM2){ref-type="media"}: טבלה S3. כל סמן SNP נבדק לפולימורפיזם בשלושה שכפולים באמצעות הגברה של ריבוי שרשרת פולימראז (PCR). פריימרים ספציפיים לאלל תוכננו באמצעות תוכנת Primer3Plus [[@CR43]] כדי להבדיל בין SNPs הומוזיגוטיים להטרוזיגוטיים. מוצרי PCR הופרדו באמצעות אלקטרופורזה על 2.0% ג'ל agarose ברזולוציה גבוהה ומוצרים נצבעו ב- GelRed™ (Biotium, Fremont, CA, ארה"ב). לאחר מכן הוצגו השברים המוגברים באמצעות מערכת הדמיה של ChemiDoc™ MP (Bio-Rad Laboratories Inc., Hercules, CA, ארה"ב).

גנוטייפ {#Sec18}

----------

הפולימורפיזם בסמני SNP נבדק על ידי תוכנת PolyMutt (גרסה 1.70), המשתמשת בתוכנה DnaMutt. מכיוון שתוכנית זו פותחה ועוצבה לזיהוי מוטציות בגנים מקודדי חלבון, השתמשנו בפרמטרים הבאים: מספר מינימלי של מוטציות, ארבע, אורך מינימלי, 30 bp, תדירות פולימורפיזם מינימלית, 0.05, פער מקסימלי, 1 bp, פער ממוצע גודל, 0.25 bp, הסתברות מינימלית, 0.5, מספר מקסימלי של אי-התאמות, 0.5, מספר אינדלים מקסימלי, 0.5, הכנסה מקסימלית, 2 bp, תדירות הכנסה מקסימלית, 0.05, מקסימום מחיקה, 2 bp, תדירות מינימלית של מחיקות, 0.05, מינימום אורך המחיקות, 1 bp, מספר מינימלי של מוטציות באינדלים, 3, והסתברות מינימלית למחיקות, 0.5.

ניתוח מורפולוגיה {#Sec19}

-------------------

בוצעה צביעת המטוקסילין ואאוזין לבדיקת תאי גידול. רקמות קפואות נחתכו בעובי של 4--5 מיקרומטר. קטעים אלו נצבעו לאחר מכן בהמטוקסילין ואאוזין (Wako Pure Chemicals) ונבדקו תחת מיקרוסקופ (Olympus Optical Co., טוקיו, יפן).

ניתוח סטטיסטי {#Sec20}

--------------------

הקשר בין הגנוטיפ לשלב הגידול (שלב I או שלב II) הוערך באמצעות מבחן ה-chi-squared, והושווה גם לגורמים האחרים (דרגת גידול, מצב בלוטות הלימפה ומיקום הגידול). הקשר בין הגנוטיפ לדרגת הגידול הוערך באמצעות מבחן ה-chi-squad. כל הבדיקות בוצעו באמצעות חבילת התוכנה SAS, גרסה 9.2 (SAS Institute Inc., Cary, NC, ארה"ב). כל הבדיקות הסטטיסטיות היו דו-צדדיות, וערכי *p* <,0.05 נחשבו מובהקים סטטיסטית.

מידע משלים

=========================

{#Sec21}

מידע משלים

**הערת המפרסם:** Springer Nature נשאר ניטרלי בכל הנוגע לתביעות שיפוט במפות שפורסמו ובשיוכים מוסדיים.

חומר משלים אלקטרוני

=================================

**מידע משלים** נלווה למאמר זה בכתובת 10.1038/s41598-018-38180-8.

המחברים רוצים להודות למטופלים ולמשפחותיהם על ההשתתפות במחקר. המחברים גם רוצים להודות לד"ר Eriko Hijikata ו- Yuko Kobayashi על הסיוע הטכני שלהם. מחקר זה נתמך בחלקו על ידי מימון המחקר למדעי אריכות ימים (25-18, 27-22 ו-30-18) עבור המרכז הלאומי לגריאטריה וגרונטולוגיה (NCGG).

א.י. וח.א. הגה את המחקר, ביצע את המחקרים הגנטיים המולקולריים וניסח את כתב היד


הערות:

  1. Tekazahn

    Probably, I am wrong.

  2. Maukora

    I congratulate, I think this is the admirable thought

  3. Willan

    אתה צודק לחלוטין. בשום דבר זה יש רעיון טוב. מוכן לתמוך בך.

  4. Voodook

    It is a pity, that now I can not express - it is very occupied. אני אשוחרר - אני בהכרח אביע את הדעה.



לרשום הודעה